V dobách husitských válek je městečko Kožlany, pro svoji příznivou polohu na cestě z Prahy do Plzně, opravdu až příliš často obraceno v plén. A to nejen v roce 1424 a 1425, ale i v roce 1430, kdy Kožlany dostávají poslední ránu, když táhne husitské vojsko o velké síle proti křižácké výpravě, která se valí z Bavor do Čech. Při této příležitosti napadají a plení husitská vojska u nás také statky horlivých katolíků pánů z Kolovrat. Hanuše na Krašově a Bedřicha na Libštejně který se ale po dlouhém obléhání poddávaá a přestupuje k husitům. Stíví se dokonce husitským hejtmanem a táhne společně s nimi k bitvě u Domažlic.
Kožlany jsou totálně vypleněny ohněm a mečem včetně kostela manského dvora nad Kožlany (na Homoli). Kostel je pobořen a zůstávají z něho jen základní zdi lodi presbytáře, a v tomto stavu se nachází později celých 140 let- Teprve v roce 1571 nový patron a vrchnost Jošt Týřovský kostel opravuje a zřizuje si v něm rodinnou hrobku, v které je také roku 1574 Jošt pochován (deska uprostřed pod vítězným obloukem.)
Na žádost bratrů Jošta a Jiříka Týřovských je po dlouhé době do Kožlan dosazen opět katolický farář Vít Kandidus Kouřimský. V roce 1573 je ale kožlanská farnost povýšena na děkanství, které zahrnuje až třetinu dřívějšího děkanátu rakovnického a Vít se tak stává prvním děkanem. Ke kožlanskému děkanátu v té době patří 6 far katolických a 3 fary podobojí. Ale bez fary v Rousinově a ve Vysoké Libyni z kterých si mezitím pán z Kolovrat stačil udělat hospody.
Roku 1583 ale přichází do Kožlan farář Matheol (Matěj) – všichni faráři si v té době dávali latinská jména. Hlásí se sice za katolíka, ale katolictví ke cti moc neslouží. Proto si kožlanští na něho již brzy stěžují, a to až u arcibiskupa, že Matheol se před květnou nedělí v Plzni opil, až v noci se vrátil, v neděli spal, přestože sousty lidí chtělo k přijímání přistoupit. Kostelníci museli faráře vzbudit a napomenout ho, aby k oltáři šel. Často se opíjel, v hospodě dveře vyrazil, stolicemi házel a pro časté opilství mši sloužit nemohl a lehké ženštiny u sebe přechovával. Školnímu rektorovi stravu nedával, a proto do kostela zpívat nechodil.
Ryhtář kožlanský si na faráře rovněž stěžoval, že desátku jeho (každý třetí snop) nepřijal, vyběhl z fary s kordem a s jeho pacholkem se popral a jeho čeládku z fary vyhnal. Za oddávky 1 kopu grošů žádá, od křtu ½ kopy a sáh dříví, za pohřeb 3 kopy grošů. Proto ho kožlanští za faráře v Kožlanech trpěti nechtí.
Kožlanský farář Matheol se ale u arcibiskupa omlouval: „…. Že v kožlanské farnosti se kacířství rozšířilo, lidé cizí kněze luteránské do domů volají, kteří tu křtí a oddávají. Ze hřbitova a z farské štěpnice si kožlanští obecní pastviště dělají a při mši mnohdy místo lidí krávy, prasata a koně se derou. Faru, která je horší než ovčácká chalupa a pastuška mi osadníci opraviti nechtějí. Farní polnosti musím ve dne hlídat, ale zase v noci mi je spasou. Osadníci desátku neplatí a přijdou-li na faru, mne tupí. Purmistr kožlanský vyslal ke mně lidi se vzkazem, že osadníci jen poloviční desátek mně budou dávat a vyzval mne, abych se z fary vystěhoval. Kožlanští mají 92 korců obilí (85 q) desátku dávat, z Hedčan pak poddaný i korec, ale nikdo mně zatím ani zrna nedal. Také čistečtí, kterým přisluhují, jsou kacíři a o papeži postupně mluví. Prosím proto Vaši Milost arcibiskupskou o radu, mám –li se vystěhovati nebo co mám vůbec dělati.
Proto roku 1585 farář Matheol z Kožlan odchází na farnost do Předměřic, ale představuje se tam hned výtržnostmi a na mol opilý, a proto ho na faru ani nepouští. Kožlanští osadníci si po této roztržce s farářem Metheolem rozebrali se souhlasem pana Týřovského všechny zádušní dědiny, 7 lánů (129 ha), sami sobě k užívání a později i do knih si je zapsat dali.
V roce 1585 po Matheolovi přichází na farnost do Kožlan Diviš Hostouňský, dřívější děkan rokycanský, katolík, ale podobojí zároveň. Toho ale již roku 1590 střídá Baltazar Miličínský, katolík, ale podobojí zároveň. Ten ale podstupuje k výběru všechny své desátky svému patronu a vrchnosti Ladislavovi z Lobkovic a na Zbirohu za 120 ročního platu. Patron desátky vybírá, ale ani groše mu nedává. Proto také roku 1593 Baltazar odchází, s pohledávkou 230 kop grošů u pana z Lobkovic.
Po Baltazarovi přichází do Kožlan Václav Rakovnický, také někdejší děkan rokycanský. Je to ale kněz pochybné pověsti. V Rokycanech se jako děkan oženil, a proto musel odejít. A protože i podobojí v Kožlanech podával, byl roku 1598 do Drahoňova Újezdu přeložen. Na jeho místo je do Kožlan jmenován Jakub Lehman, řeholník z Plas. Ale protože ten dobře znal kožlanské a jejich patrona pana Týřovského jako odpadlíky víry, místa se hned vzdal. A tak Jan Týřovský roku 1603 píše arcibiskupovi, že Kožlany jako ovce bez pastýře jsou a prosil, aby do Kožlan alespoň faráře Václava Rakovnického, který již jednou v Kožlanech byl, novu dosadil. Přestože je starý a nemocný, stačil by jim.
Ale arcibiskup, když kožlanští se tak bez faráře opuštěni cítili, jako ovce bez pastýře, dobrého faráře jim dosaditi chtěl. A tak posílá do Kožlan faráře Petra Hostiniusa, katolíka dobrého kněze a správce duchovního a ještě k ruce kaplana Ondřeje Maleziusa Střebského mu dává, aby kožlanským se mohl více věnovati. Ale kožlanští brzy i jeho z fary vyhání a ani desátky mu neodvádí. Farář Petr si proto i na patrona pana Týřovského stěžuje a když nemůže pořídit a k nápravě nedochází, dává roku 1609 výpověď. Petr Hostinius asi opravdu dobrým knězem a katolíkem byl, a proto se kožlanským luteránům moc nehodil.
Po těchto zkušenostech dosazuje konzistoř roku 1616 do Kožlan pro jistotu již jen faráře podobojí, a to Tobiáše Kryštofora Montapenického, dřívějšího faráře v Potvorově. V té době po vydání Majestátu o náboženských svobodách (1608) císařem Rudolfem II. se již nejméně dvě třetiny obyvatel v českých zemích a většina českého panstva hlásí k protestanství.
Majestát o náboženských svobodách vydaný pod silným tlakem českého stavovského sněmu se tak stává jen časovou rozbuškou k otevřenému nepřátelství českých stavů proti katolickému panovnickému rodu nenáviděných Habsburků.
Po nešťastné bitvě na Bílé hoře roku 1620 nastává násilná reformce a rekatolizace. Místodržící kníže Karel z Lichtenštejna vydává roku 1624 přísný list proti nekatolíkům. Rovněž kardinál Harrach napomíná roku 1624 kapitulu, aby kacířství bylo kořeněno a ovečky z dravých pazourů vlčích do pravého ovčince navráceny byly. A protože se tak stále neděje, nařizuje, aby každý věřící nejméně jednou o Velikonocích k přijímání jpřistoupil a farář mu vydal o zpovědi cedulku. Kdo by nařízení nedbal, nesmí býti na hřbitově pochován a bude dle práva trestán.
V tu dobu je v Kožlanech již zase farář, a to Tomáš Pedander, který ale roku 1624 zase odchází za děkana do Rakovníka a osiřelou faru kožlanskou na čas spravuje čistecký farář Nejedlý. Ale roku 1633 nastupuje již zase nový farář Jakub Popelius Ždánický, na kterého již dříve ale stížnost byla, že při vpádu Sasů v roce 1631 k nepříteli směřoval a cizího člověka na faře přechovával. Kantor Jakub ze Zlonic mu pak roku 1633 psal: „…. moje manželka Vás tisíckrát pozdravujíc, jiné slsužby sobě nežádá, než v domě farním při Vaší Milosti sloužiti žádostiva jest….“ Jaký to úpadek mravní. Roku 1638 Popelius ale z Kožlan zase odchází.
Mezi tím kardinál Harrach roku 1631 ruší děkanáty a rozděluje Čechy na 23 vikariátů. Tím Kožlany ztrácí děkanát a dostávají se pod dozor rakovnického vikáře. Všichni nekatoličtí kněží jsou vypovězeni ze země a jako duchovní a kněží jsou do Čech vysíláni řeholníci z Polska a Uher. Ale byli to všichni kněží zchátralých mravů a ti reformaci moc neposloužili. Aby ale více úspěchů měli, dali jim k ruce dragouny, kteří se usadili v domech nekatolíků a hospodáře vyjídali tak dlouho, až buď ke katolictví přistoupil nebo z gruntu utekl. Kdo utekl z Kožlan není doloženo, ale z Čisté 16 usedlých uteklo a Zuzana Rusá pak odcházejíc z města dokonce sama grunt si vypálila.
Po odchodu faráře Popeliusa přichází do Kožlan farář Matyáš Veselský, který ale v Kožlanech sotva půl roku pobyl. Po té kožlanskou farnost spravuje čistecký farář Stanislav Trochius, který kromě toho přisluhuje ještě v Miličově a v Dolanech. V roce 1641, když se farář Trochius s čisteckým primasem popral kvůli starému zvyku na městské shromáždění zvoniti, odchází do Kožlan, kde dva roky pobyl. Po něm přichází na kožlanskou farnost farář Matěj Němec z Bavor, který ale hned poté Matěj Nemeus Bavorský se píše. Bavorský ale již roku 1645 z Kožlan do Čisté odchází a běduje, že z Kožlan odchází ještě k větším divochům daleko od zákona Kristova se odchylujících.
Po Bavorském přichází na kožlanskou faru farář Jakub Propetius, pravděpodobně jako poslední, neboť roku 1648 bylo městečko Kožlany více než zpola, včetně fary, vypáleno. Osadníci dílem sběhli a dílem pobiti byli. Nebylo rozdílu mezi svými císařskými a pluky švédskými, všichni plenili městečko stejně. Poslední ránu ale Kožlanům zasadila švédská armáda generála Konigsmarka, která vtrhla do Kožlan, všechno pokradla, obilí právě dozrávající podupala a zničila. Poddaným ani zrna na chléb nezbylo. Kontribuci na nich tvrdě vymáhali a kožlanští nemajíce jiných prostředků, kalich z kostela faráři prodati museli.
Švédský generál Bruckhausen, který na Křivoklátě seděl, rovněž proviant na kožlanských žádal, a to : po libře (libra = 0,514 kg) pepře, zázvoru, hřebíčku, šafránu, skořice, muškátového květu a hrozinek, 2 libry mandlí, 6 liber lojových a 15 liber voskových svíček, 20 pint octa vinného a 20 pint octa pivního (pinta = 1,78 litru), po půl libře hořčice, oleje olivového a kaparů, 10 liber másla a cukru, 3 korce ovsa. Dále 10 liber slaniny, 2 kuřata, 2 holuby, 30 vajec a korec mouky. Kolik toho kožlanští mlsným Švédům skutečně dali, není však známo, neboť na podzim roku 1648 byl konečně uzavřen Westfálský mír a Švédové odešli z Čech. Ale část našeho císařského Gallasovského pluku leželo v Kožlanech dál.
Kožlanští byli řadu let pro chudobu dlužni extraordinarium (zvláštní dávky). Později se ale domluvili s panem Lažanských, že něco za ně zaplatí, když dovolí mu v Panském domě v Kožlanech (pravděpodobně v domě u Kučerů čp. 24) panské pivo čepovati.
Třicetiletá válka přinesla pro České země katastrofální důsledky, ohromné a nedozírné škody materiální a morální. Bylo zničeno a vypáleno 278 zámků, 102 měst a 1.145 vesnic a zbylý majetek pak přešel většinou do rukou cizí šlechty.
Z tehdejších 3 milionů obyvatel v Českých zemích klesl poválečný stav na pouhých 800.000 obyvatel. Generace, které vyrůstaly během válek, bez vzdělání a bez morálky, nepoznaly za svůj život nic než vraždy a loupeže. Zchudlí venkované utíkali ze svých zničených nebo zadlužených usedlostí do lesů, kde žili jako divoká zvěř, dorozumívající se jen posunky, nemajíce již někdy ani ponětí o lidské řeči. Totálně zničené oblasti zvláště kolem hlavních tahů a komunikací, a to bylo i městečko Kožlany s okolím, to všechno byl výsledek třicetileté války.
A tak konečně roku 1652 nastupuje zase po dlouhé době do Kožlan farář Šimon Hildebrant a píše, že fara je vniveč obrácena, dědiny (pozemky) k faře náležící se neosívají a pusté jsou. Ale již v roce 1638 Šimon odchází a přichází farář Matyáš Laetus (Veselý), který již v roce 1638 pod jménem Veselský byl. Ale ani ten v Kožlanech dlouho nepobyl, neboť již roku 1655 uvádí se, že farnost spravuje farář čistecký Jan Procerius.
V témže roce zasílá paní Eva Erosina Týřovská, rozená hraběnka z Klenové, arcibiskupovi osvědčení, že celá její rodina a všichni poddaní v Kožlanech jsou náboženství katolického a o Velikonoční pondělí na mši byli. Přesto ale v roce 1657 rakovnický děkan Maříček žádá na konzistoři o misionářskou pomoc s tím, aby zvlášť na paní Erosinu Týřovskou a kožlanské poddané si pozor dali.
V roce 1663 spravuje kožlanskou farnost farář kralovický, v letech 1664-67 pak plasský řeholník Kryštofor Teugler, roku 1667-1703 Benedikt Holibergius rovněž řeholník z Plas a od roku 1704 slouží v Kožlanech již zase trvale jen faráři světští.
Roku 1717 stěžuje si ale kožlanský farář Tatíček, že u kožlanské fary 7 lánů (129 ha) kněžských bylo, ale nyní kožlanští osadníci sami jich užívají. To opravdu bylo, ale při roztržce s farářem Matheolem roku 1585 si kožlanští všechny zádušní pozemky rozebrali a později si je i do knih zapsat dali, a tak z kdysi rozsáhlé a bohaté farnosti kožlanské zbyly jen ubohé trosky.